Unter den Deutschherren entstand um 1230 der Bau einer spätromanischen, dreischiffigen Kirche. Davon ist heute noch der Westturm zu sehen. Zu Beginn des 15. Jahrhunderts leiteten die Ordensritter den Umbau des spätromanischen Kirchenbaues im gotischen Stil ein. Im 1428 bis 1446 errichteten Hochaltar sind die Glasmalereien und der wiedererstandene Magdalenenaltar mit seinen Riemenschneiderskulpturen von 1492 erhalten.
Fürstbischof Julius Echter lässt 1610 das Haupt- und die beiden Seitenschiffe zu einer mächtigen Renaissancehalle umbauen mit hohen Säulen und weitschwingenden Säulenbögen. diese Bögen und sämtliche Fenster sind mit Grisaillemalereien geschmückt; im nördlichen Seitenschiff nach alttestamentlichen Motiven geordnet. Weitere Schmuckstücke vervollständigen die besondere historische Bedeutung der Kirche.
Dies sind vor allem die vier 1503 von Veit Stoß geschaffenen Bildtafeln der Klianslegende (Außer den Münnerstädter Tafeln kennen wir nur noch ein Porträt und offenbar zusammengehörige, dem Füssener Altar zugewiesene Darstellungen von Aposteln, Nothelfern und einem der Kirchenväter, deren Zuschreiben allerdings nicht gesichert ist. außerdem noch einige wenige Zeichnungen und Kupferstiche.); die gotische Tafel "Marientod" aus dem Nürnberger Deichsleraltar (1420), der Sebastiansleuchter (15 Jh.), die Kreuzigungsgruppe (Beginn des 16. Jh.) in der Ritterkapelle sowie die 18 Zunftstangen (1680-1830) im Hochchor.
Weiterführende Literatur:
Großer Kirchenführer - die Magdalenenkirche in Münnerstadt
(Langewiesche-Bücherei (Verlag Langewiesche, Postfach 1327, 61453 Königstein im Taunus)
Julia und Christian Hecht: Meisterwerke Mittelalterlicher Glasmalerei in der Pfarrkirche St. Maria Magdalena zu Münnerstadt (Schnell + Steiner) ISBN 3-7954-1456-3