Die ersten schriftlichen Hinweise auf die mutmaßliche Existenz einer Orgel finden sich ab 1471, da von diesem Zeitpunkt an Bewerbungen für die Organistenstelle nachzuweisen sind. In einer Notiz vom 15. September 1492 heißt es: "...An den festen der Apostel des hl. Johannes des Täufers, des hl. Michael und an Epiphanie soll beim Salve die Orgel gespielt werden, so man anders einen Orgeler gehaben mag...". 1564 oder spätestens bis 1580 muß eine weitere Orgel erbaut worden sein, was aus einem Bericht vom 26. Februar 1626 entnommen werden kann. 1626 wurde mit Enreß Weißen Orgelmachern zu Ostheimb ein Orgelbauvertrag zum Neubau einer 2-manualigen Orgel abgeschlossen.

Das Instrument besaß 12 Register im Hauptwerk und 6 Register im Rückpositiv sowie ein Pedal (Die Zusammensetzung ist aus dem Orgelbauvertrag nicht ersichtlich.) 1750 erbaute Johan Philliip Sueffert, Hoforgelbauer in Würzburg eine neue Orgel mit 17 Registern, verteilt auf 1 Manual und Pedal. Im jahre 1906 wurde das Orgelwerk von Franz Hochrein, Münnerstadt durch einen Neubau mit pneumatischer Traktur (II/17) ersetzt.

Die heutige Orgel wurde 1985 von der Bonner Orgelbauwerkstatt Johannes Klais (www.orgelbau-klais.com) erbaut. Das Seuffert-Gehäuse wurde restauriert und ergänzt. Hauptwerk, Unterwerk und Kleinpedal stehen im historischen Gehäuse. Hinter dem alten Gehäuseteil wurde ein etwas schmalerer neuer zur Aufnahme des Schwellwerks und des Großpedals unsichtbar angefügt.

Das Besondere an dem Orgelblick ist der gemalte Hintergrund an die Wand, der überdimensionale Gesimskasten eines Trapezturmes mit König David als Aufsatz, einer Erinnerung an die Frühbarockorgel, gemalt um 1610. 2005 wurde das Instrument von der Erbauerfirma im Rahmen einer Generalreinigung grundlegend überholt sowie mit einer elektronischen Setzeranlage mit 3800 Speichermöglichkeiten ausgestattet.